Existen dos tipos de intolerancia a la lactosa:
a) Intolerancia Primaria: este tipo de intolerancia es genética y afecta a personas que les falta la lactasa desde el nacimiento. A este tipo se le denomina Intolerancia Primaria o Genética y es permanente.
b) Otras personas se vuelven intolerantes a la lactosa como consecuencia de una agresión a la mucosa intestinal por un virus, bacterias, antibióticos o quimioterapia, diarreas infecciosas, enfermedad inflamatoria intestinal crónica, enfermedad celiaca, etc. A este tipo se le denomina Intolerancia Secundaria a la lactosa y es transitoria y recuperable.